“六根清净”中的六根指的是眼、耳、鼻、舌、身、意。这些是生理学的全部范围，眼有视神经，耳有听神经，鼻有嗅神经，舌有味神经，身有感触神经，意有脑神经，这些都是心与物的媒介的根本，所以称为六根。六根清净指佛家以达到远离烦恼的境界。比喻已没有任何欲念。
从六根所接触的物件上说，称为六尘，也就是物理学上的各类物质。眼根所见的颜色和形色，耳根所听的声音，鼻根所嗅的香臭，舌根所尝的味道，身根所触的粗细冷热与湿滑等，意根思想的称为'法’——漪指的极微极远的无从捉摸的东西，这些就被称为六尘。
从六根接触六尘而产生的判别力与记忆力上说，称为六识。如果没有六识而仅有六根与六尘，那就不是活人而是死尸，所以，六识是六根的操纵者，六根是六识用来接触六尘的工具。
那么，为什么要称为六根清净呢？因为六根是六识的工具，作善作恶，固然是出于六识的主张，造成善恶行为的事实，却是在于六根的作用。人之流转于生死轮回的苦海之中，就是由于六根不曾清净，自从无始以来的一切罪业，均由六根所造。
比如眼根贪色、耳根贪声、鼻根贪香、舌根贪味、身根贪细滑、意根贪乐境；有贪，也必有镇，贪与镇，是由无明——烦恼而来，合起来，就是'贪、镇、痴’的三毒交加，恶多善少，永无出离生死苦海的日子。
